En su primera etapa de vida, desde su fundación en 1990 hasta el 2003, fue la única agrupación orquestal que difundió la música sinfónica en nuestro estado. De manera importante, fue también el campo de entrenamiento de los actuales integrantes de la Orquesta Filarmónica de Sonora, primera agrupación orquestal profesional en la entidad. Esta transformación de orquesta juvenil a profesional, sin precedente a nivel nacional, ha adquirido un especial significado en la medida que simboliza el valor del esfuerzo dedicado, la perseverancia en el estudio y el amor por la música.

Después de crearse la Filarmónica en 2003, la Orquesta Juvenil inició su segunda etapa de vida al nutrirse de una nueva generación de jóvenes estudiantes del Programa de Música Orquestal del Instituto Sonorense de Cultura, quienes, con el invaluable apoyo de los maestros de la OFS, sienten la motivación de alcanzar la excelencia musical, sabedores de que en Sonora existe ya un ámbito musical profesional al cual podrán integrarse.

Esta fase se logró gracias al esfuerzo del grupo Pro Música de Hermosillo, encabezado por Ernesto Encinas; la Universidad de Hermosillo y el músico Héctor Reyes Bonilla, quien fuera el primer director artístico de la Ojuson y bajo su batuta comenzó a dar los primeros pasos. Conformada por noveles instrumentistas, realizó los primeros conciertos en 1990 y 1991, en el Auditorio de la Sociedad Sonorense de Historia.

A partir de 2003, comenzó la tercera etapa, con la segunda generación de jóvenes que dio continuidad a esta proeza musical. Con la alternancia de los directores asistentes Ara Ghukasyan y Miguel de la Rosa, titulares Gastón Serrano, Óscar Mayoral y Carina Robles; se organizó el Primer Festival Juvenil de Música de Cámara del Noroeste 2009; se lanzó la producción del primer disco compacto de la historia de la Ojuson, Alquimia de lo abstracto y se creó la Orquesta Infantil de Sonora, con un total de 40 niños de nuevo ingreso.